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 06-Mag-2009   Stampa la pagina corrente   Stampa tutto   Mostra la posizione di questa pagina nella mappa

Genomica batterica

 

Il nostro modello di studio è il batterio azotofissatore simbionte Sinorhizobium meliloti. Questa specie è di grande importanza sia per la ricerca di base che per la ricerca appllicata, basti pensare che la sola simbiosi azotofissatrice con le piante del genere Medicago (vedi foto sotto: erba medica ecc.)  si stima faccia risparmiare, a livello mondiale, circa 300 milioni di euro l'anno nell'uso di fertilizzanti azotati.

 

Cosa è interessante di S. meliloti?

1) Interagisce con gli eucarioti (lo troviamo nel riso, nelle formiche e nei nematodi).

2) Ha più "cromosomi" , tecnicamente un cromosoma e due "megaplasmidi" (al contranrio di molti batteri come E. coli che hanno un solo cromosoma).

3) Nel nodulo radicale dentro la pianta cambia forma e metabolismo e diviene "batteroide", in pratica fa differenziamento cellulare.

4) In natura non ci sono due batteri uguali (o meglio, la variabilità genetica è molto alta). 

Perchè la genomica?

Dal 2001 esiste il genoma del ceppo di riferimento Rm1021, ma ancora nessun ceppo ambientale è stato sequenziato. Nel 2005 abbiamo dimostrato, attraverso ibridazione su microarray, che la variabilità genomica si trova prevalemtemente legata al megaplasmide che porta i geni per la simbiosi con la pianta (pSymA) [Giuntini et al. BMC Genomics 2005]. 

Rimangono quindi molte domande a cui si può trovare una risposta tramite la genomica:

a) Perchè il genoma è più variabile su pSymA?

b) Quali sono gli altri geni che hanno i ceppi ambientali e non il ceppo di riferimento?

c) Quanto è grande il pangenoma e cosa contiene?

d) Si può utilizzare la variabilità genomica per trovare i geni che migliorano l'efficienza di fissazione dell'azoto e la crescita delle piante ospiti? 

 

I PROGETTI IN CORSO

- Sequenziamento dei genomi di ceppi ambientali

- Il "super-rizobio" 

 
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